燃油税征收环节无外乎上游生产和下游零售两种。按照1999年的一份草案，国务院当时确定燃油税在生产环节征收，即在源头环节征收。具体规定为：在生产企业购买的汽柴油，其应纳税款由生产企业负责代扣代缴；生产企业自用的汽柴油，在自用移送环节纳税；委托加工的汽柴油，在交货环节纳税；进口的汽柴油，在报关进口环节纳税。
但当下也有不少专家有另外的看法。广东财政科学研究所所长黎旭东就指出，如在生产环节上征收就存在区分是农用油还是交通用油的问题。财政部科研所研究生部导师于海峰也认为，通过加油站实施燃油税的征收比较合适。
易贸资讯分析师认为，从我国目前成品油生产和流通状况以及中央与地方财政关系等角度分析，燃油税选择在不同的环节征收，政策效果也不尽相同。倘若从生产环节征收，税额有所保证但补偿退税问题困难重重。
在他看来，生产环节征收燃油税的好处是能保证足额征收。这是因为目前我国90%以上的成品油是由两大集团生产，纳税人和税源相对集中，间接降低了征收成本。
“但这一征收方式的不足之处是难以理顺分配机制及补偿退税问题。”该人士指出，因炼油企业在全国分布不均衡，在实际操作中无法按照属地原则将燃油税收入相对合理地留给地方，只能先作为中央税，再通过财政转移支付将收入分配给地方。这么做不利于调动地方政府参与和支持改革的积极性，难以将中央政府与地方政府的利益和责任有效联动起来。
其次，他认为，由于从生产企业开始纳税后，所有的消费终端都需要承担税收部分，而燃油税的开征初衷是仅针对于车用用油，如此间接提高了部分非车用用油的农、林、牧、副、渔的消费成本。后者应得到政府的相应退税补贴，但容易出现退税补偿金额过多或不足。而执行补贴后，价格又易产生“双轨制”，导致专项油外流及走私油泛滥。
另一方面，如果从零售环节征收，尽管征管难度较大，但有利于调动地方政府积极性。
“由于全国各地加油站分布较为均匀，在零售环节征收，可将燃油税作为地方税收或中央与地方共享税，有利于调动地方政府积极性。另外，对走私油品也有一定打压。”该分析师说。
尽管如此，零售环节征收也存在弊端，主要是易造成税收大量流失，征管难度大。由于占50%的社会油站较分散且成分复杂，管理水平参差不齐，偷税漏税将不可避免。例如，社会油站的油可直接从加油站油库流出，而不通过加油机流入零售市场。
“无论从生产和零售环节征税都各有利弊，国家应该根据国情选择适当的征收方式。如果仅考虑足额征收，应选择生产环节；如果仅考虑调动地方政府积极性，则应选择零售环节。”上述分析师说。
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