由于塑料耐热性较差，因此目前对塑料包装材料的灭菌方法常用过氧化氢灭菌，也有用过氧化氢低浓度溶液与紫外线、无菌热空气相结合的技术，据报道这些方法均有良好的灭菌效果。为了防止过氧化氢在操作环境内扩散，采用低浓度过氧化氢是比较有利的。
除了以上所列的包装容器和材料外，在无菌包装中还会涉及一些特殊的材料，如金属复合材料及容器、纸质与金属复合的容器等。而且，随着人们对食品质量要求的提高和人类生存环境的可持续发展需要，包装材料和容器逐渐走向环保和绿色，特别是在人们日常消费的食品包装方面，更加需要注意健康和绿色。因此，无菌包装容器的发展将是无菌包装技术广泛应用需要解决的一个重要课题，而它的发展将以健康无毒、绿色环保、经济实用为主要的目标和方向。
在包装材料使用中要注意对包装材料（容器）的灭菌，常用的灭菌方法有：药剂灭菌（如过氧化氢、乙醇等）、过热蒸汽灭菌、紫外线灭菌等。不同的灭菌方法存在着不同的缺陷，要根据不同的材料选用合适的灭菌方法。采用何种包装材料及其对应的灭菌方法，在很大程度上决定了无菌包装系统的构造类型、复杂程度和稳定性等。
一般来说，纸塑类包装容器可用紫外线、过氧化氢、乙醇、过氧化氢＋紫外线、乙醇＋紫外线等方法灭菌，对于热敏性塑料瓶、复合膜及纸容器还可用放射线辐照灭菌，而金属、玻璃包装容器、金属罐盖等一般采用热力方法、过热蒸汽、过氧化氢＋热力等方法灭菌。
对包装材料和容器的灭菌，要按经过严格试验所确定的可靠的灭菌形式进行，由于无菌包装容器多采用软质复合袋，因此要考虑尽量减少长时间的高温对材料品质的影响，这是无菌包装的重要环节和无菌包装成败的关键。
