与普通食品不同，保健食品、特殊医学用途配方食品、婴幼儿配方食品等属于特殊食品，也是近年来安全事故的频发领域。新《食品安全法》在事前监督环节增加了特殊食品产品注册（备案）制度，对上述3种特殊食品实施严格监管。
以保健品为例，新的法律规定，今后保健食品的原料一定要有自己的名称，而且功效要与之结合，每个原料的功能都要写明；标签、说明书应与备案一致，载明适宜人群和不适宜人群，并声明“本品不能代替药物”，广告也要声明“本品不能代替药物”。
针对近年来备受关注的剧毒农药超标投放、网络食品安全事件频发、转基因食品越来越多等现象，新法在事中监管环节增加了农业投入品安全使用制度、网络食品交易监管制度、特殊医学用途配方食品制度、婴幼儿配方食品监管制度、转基因食品标识制度、食品安全自查制度等多项新制度，这也成为本次修法的最大亮点。
目前，在食品安全监管领域我国有两部法律，即《食品安全法》和《农产品质量安全法》，过去存在着两法衔接问题，这次法律规定，蔬菜等食用农产品进入市场销售后适用《食品安全法》。新法第49条规定，不得使用国家明令禁止的农业投入品，禁止将剧毒、高毒农药用于蔬菜、瓜果、茶叶和中草药材等农作物。这旨在从源头加强监管，解决前一阶段出现的有关食用农产品的一些问题。
在网上购物，出了事先告谁，由谁承担第一责任，一直存在争议。对此，新法新增了网络食品交易监管制度。首先，第三方平台要承担责任，要对入网食品经营者进行实名登记，明确其食品安全管理责任，需要行政许可的还应审查许可证。
除审查外，第三方平台要进行监督管理，发现入网食品经营者有违法行为的应及时制止和报告，发现严重违法的应当停止交易服务。如果第三方平台没有进行实名登记，也没有进行许可审查，出了事又没报告，没停止交易平台服务，监管部门除给经营者罚款、停产停业吊销许可证以外，使消费者合法利益受到损害的，第三方平台要跟食品经营者承担连带责任。
在事后监管环节，新法增加了食品安全责任约谈制度、责任连带制度、首负责任制度、信用奖惩制度等。新法强化了地方政府的食品安全责任，企业承担第一责任，地方政府要负总责。地方政府对本辖区食品安全监督管理要负责，统一领导组织协调本区食品安全监督管理工作以及食品安全突发事故，特别强调地方政府要加强食品安全监管能力建设，完善评议考核，实行责任约谈。
这次修订增加了两条，一是，如果监管部门未及时发现食品安全系统性风险，未及时消除监管领域食品安全隐患，本级政府可以对监管部门的主要负责人进行约谈；另一个是，地方政府未履行食品安全职责，未及时消除区域性食品安全的，上级政府可以对下级政府进行约谈。
