过多依赖返利
目前，70%以上的药品是通过医院所属的药房供给患者。在药品采购和销售中，医院具有绝对的话语权，通常，医院拖欠药品供应商的账款都比较长，这种现象在国内普遍存在，让药品代理商和生产企业苦不堪言。
同时，在“以药补医”的机制下，医院可以根据药品进价按照一个固定加价率(一般是15%)加价后，再将药品销售给患者，获得相应的进销价差作为自己的收入。在这种利益的驱动下，医院一般更愿意选择高价药品，也就是说，所进药品价格越高，在一个固定加价率下，加价的绝对数就越大，收入也就越多，反之亦然。“以药补医”的机制使得与医院的药品交易成为一种“高进、高出”的经营模式，且回款期较长，资金的使用效率也较低。
与传统经营模式相比，九州通模式最大特点和创新之处主要包括市场化的价格形成机制、丰富的经营品种、快捷的配送速度和宽域的服务半径、快速的资金周转速度和良好的客户服务体系，即从药企生产商拿到药之后低价卖给医院、药店等卫生医疗机构，以求薄利多销、资金快速回笼的策略，被市场称为“快批”模式，这样的模式让九州通在国内的药品流通领域中杀出了一条“血路”。
从2000年成立时名不见经传的企业，到目前九州通已经发展到总资产70多亿元、下属企业70余家的民营医药商业龙头，其在华南、华东、西北等地成立多家医药经营公司，现有14家省级大型医药物流中心、17家地市级物流配送中心及206个业务办事处，覆盖国内行政区域占比达70%以上。
虽然，九州通靠着“快批”模式迅速起家，但谈及这种盈利模式，市场人士却用“脆弱”来形容。
九州通目前的盈利主要来自进销差价和返利(供应商对经销商的现金或实物奖励)两个部分。
公司与上游供应商签署年度的购销协议，通过大规模的统一采购，公司获得了较低的采购成本，从而获得进销差价。
公司招股说明书显示，2007~2009年及2010年1~3月，公司从供应商获得的返利分别为15748万元、24573万元、31368万元和7771万元(已扣除增值税影响)，分别占当期营业毛利的比例为24.14%、26.93%、27.41%和23.89%。
“返利实质是进销差价的主要组成部分，是销售毛利的组成部分。”上海某券商医药行业研究员对《中国经营报》记者表示，九州通从供应商处获得返利占营业毛利的比例实际要比其公布的数字要高，这点从其在招股说明书中大篇幅描述返利，而对进销差价只有寥寥几笔的说明，就可印证。
