豆类食品营养丰富，但是本身含有的一些抗营养因素降低了大豆及其他豆类的生物利用率。如果烹调加工合理，可有效地去除这些抗营养因素。
蛋白酶抑制剂
存在大豆、菜豆等食物中，能抑制胰蛋白酶、糜蛋白酶、胃蛋白酶的活性，以胰蛋白酶最为普遍。对人体胰蛋白酶的活性有部分抑制作用，抑制蛋白质的消化吸收，造成不良的胃肠道反应，如喝未煮熟的豆浆会拉肚子。破坏胰蛋白酶抑制剂的有效方法是常压蒸汽加热30分钟，或1千克压力蒸汽加热15～20分钟。大豆用水浸泡至含水量60%时，水蒸5分钟即可。大豆中尿酶的抗热能力较胰蛋白酶抑制剂强，且用尿酶测定方法简单，所以常用尿酶反映来判定大豆中胰蛋白酶抑制剂是否被破坏。我国食品卫生标准明确规定，含有豆粉的婴幼儿代乳食品，尿酶试验必须是阴性。在豆类食品的加工烹调过程中，蛋白酶抑制剂大部分被破坏，不会对人体造成不良的影响。
植物红细胞凝集素
大豆、蚕豆、绿豆、菜豆、扁豆、刀豆等豆类还含有一种能使红血球细胞凝集的蛋白质，称为植物红细胞凝集素。含有凝集素的豆类，在未经加热使之破坏之前就食用，会引起进食者恶心、呕吐等症状，严重者甚至会引起死亡。凝集素是一种糖蛋白，在常压下蒸汽处理1小时或高压蒸汽处理15分钟可使之失活。
植酸
像其他植物性食物一样，大豆中含有植酸。植酸能与铜、锌、铁、镁等元素螯合，使这些营养成分无法有效的利用。但是，如果把大豆适当发芽，例如在 19～25℃下室温中用水浸湿，经过3天，促使其发芽，这时豆芽中植酸酶活性大大升高，植酸被分解，游离氨基酸、维生素C则有所增加，这些变化使原来被植酸螯合的元素释放出来，变成可被人体利用的状态。把大豆制成豆浆或豆腐，由于磨浆前要经过长时间的浸泡，据测定，经6小时浸泡就能使大豆里的植酸酶活性上升，植酸被分解，提高了钙、锌、铁、镁等无机盐元素的利用率。
豆腥味
大豆及其制品具有固有的豆腥味，主要是因为含有脂肪氧化酶。采用95℃以上加热10～15分钟;乙醇处理后减压蒸发;钝化大豆中的脂肪氧化酶;用酶或微生物进行脱臭等方法，均可除去部分豆腥味。
