玉米穗腐病的初侵染来源广，湿度是关键，因此在防治策略上，必须以农业措施为基础，充分利用抗(耐)病品种，改善贮存条件，农药灌心与喷施保护相结合的综合防治措施。
1.选用抗病亲本(制种)或品种
建议科研单位、制种企业选用对穗腐病具有优良抗性的亲本及组合，建立无病制种基地，培育健康种子。同时县市种子公司、农技中心在玉米新品种引进试验中，应把对该病的抗性列为鉴选重点，对抗性差的品种不予引种;目前庄浪县应在推广抗病品种中单2号、酒单2号、酒单4号的基础上，积极引进高产、抗病的新品种。
2.地膜覆盖，适期早播
采用地膜全覆盖或半覆盖、适期早播可使玉米提早成熟，降低感病品种的穗轴和籽粒含水量，能有效减轻收获和贮存期的病菌感染。
3.及时剥掉苞叶，防雨淋湿受潮
玉米收获期多秋雨，收获后的果穗不要堆集过厚，应及早剥去苞叶，打结成串挂在通风向阳处晾晒，对不能打结成串的果穗应摊薄晾晒，并经常翻动，防止受热而发病，如有降雨及时遮挡，防止雨淋。折断病果穗霉烂顶端，防止穗腐病再新扩展
在剥苞叶过程中，对发现有病的果穗，应在发病与健康交接部位折去霉烂的顶端，防止病害进一步扩展，增加损失。据试验观察：果穗受雨淋不剥苞叶堆积3d，果穗顶端霉烂长度由3cm扩展到7cm;剥掉苞叶如不清除病果穗顶端霉烂部分，在脱粒前期，穗腐病还会由5cm扩展到15cm;对果穗霉烂部分清除不彻底，脱粒前期，穗腐病还会扩展2-5cm;而清除彻底干净，穗腐病就不在发展。
4.早脱粒，防霉变
收获后将病果穗挑检出，尽早脱粒，并在日光下晾晒或在土坑上烘干，以防籽粒进一步受病菌感染霉烂。
处理玉米秸秆，压低初侵染源。
玉米秸秆、穗轴、根茬大量累积是镰刀菌、玉米螟越冬的有利场所。所以，必须对玉米秸秆、穗轴、根茬及时采取喂(饲喂家畜)、氨化(氨化饲草)、粉(粉碎喂猪)、沤(沤制肥料或作为沼气填充料)、烧(烧坑做饭)的办法彻底处理，减轻病虫初侵染源。
5.种子精选包衣
因玉米种子表面病菌存活时间1a以上[5] ，生产经营单位，在供种前要对种子进行精选，剔除秕小病籽，用20%福?克种衣剂包衣[14]，每100kg种子用药量444.4-800g，或用30%多?克?福种衣剂包衣，每100kg种子用药量214-300g。
6.化学药剂防治
在玉米喇叭口期，用直径2mm左右水洗河沙5kg与20%氰戊菊酯8-10ml，50%多菌灵WP50g均匀搅拌制成的颗粒剂，每hm2用量 60-75kg灌入玉米心叶正中心和组成心叶丛的4-5片叶间隙，避免在结露和卷叶时施药，据试验：灌心不仅对玉米螟防治效果达100%，而且对玉米穗腐病、粘虫、蚜虫防治效果达90%以上。同时在玉米收获前15d左右用50%多菌灵WP1000倍液在果。
