面向新未来，园艺所深知科研强所的重要性。在“十三五”规划中，园艺所进一步明确了学科定位和方向，提出实现人、财、物、资源的有效整合，促进创新发展。
紧扣国家和我省果蔬产业体系，凝练具有优势和特色的重点研究方向，优化学科布局。充分挖掘现有的“国家温带果蔬特色砧木圃”“蔬菜改良中心云南分中心”“蔬菜产业技术工程研究中心”“汪懋华院士工作站”“云南省温带水果产业技术研发创新团队”、国家产业技术体系“蔬菜、苹果、桃、梨”试验站等创新平台和学科团队，全面加快温带水果、蔬菜两个创新团队的资源和团队的有效配置，实现平台整合、能力提升、团队优化。
实施科研强所、人才兴所战略，未来，该所将紧紧围绕果树、蔬菜两大学科建设，进一步整合现有的平台和人财物，巩固和提升育种、栽培等学科，努力在果蔬资源评价与利用、作物节水减肥高效利用、作物省力化高效栽培、信息化技术、果蔬质量控制与安全生产等学科取得新的突破，构建形成以一支具有国际视野，服务低纬高原特色农业发展的技术创新团队。
