金钼股份成立以来，在生产经营方面与主发起人和控股股东金钼集团及其下属公司主要在综合服务、产品供应、土地使用权租赁、房屋租赁、生产性资产租赁和工程承接及咨询服务等方面存在关联交易。
2007年9月15日，金钼股份与金钼集团签订了《综合服务协议》、《产品供应协议》、《土地使用权租赁协议》、《房屋租赁协议》、《生产性资产租赁协议》、《工程承接及咨询服务协议》，该等协议已经金钼股份2007年第三次临时股东大会批准。各项服务的费用按公正、公平、合理的原则予以确定。
为保护中小投资者的利益，《公司章程》（草案）中对关联交易的决策权力和程序做出了相应规定。金钼股份的关联交易决策权限将依照法律、法规、上市规则及《公司章程》（草案）的规定执行。
重组设立金钼股份时，以在可能的情况下关联交易最小化为原则制定了重组方案。金钼集团将主钼业务相关资产投人金钼股份，金钼集团保留了全部社会服务、少部分辅助生产服务和生产供应、少量不具备投入金钼股份条件的生产性资产以及工程设计和建设等业务。
